2003年，作为中国科研体制改革“试验田”的北生所开始筹建，其目标是出人才、出成果、出机制。王晓东是北生所第一、二任所长，他对《中国新闻周刊》介绍，北生所目前每年能获得2.5亿元的稳定经费支持，分别来自北京市、科技部和清华大学。北生所实行理事会下的所长负责制，行政、财务完全自主。

　　基金委改革明确了四类研究的资助导向：鼓励探索，突出原创（Ⅰ）；聚焦前沿，独辟蹊径（Ⅱ）；需求牵引，突破瓶颈（Ⅲ）；共性导向，交叉融通（Ⅳ）。社论对这一分类有着精准的概括：好奇心驱动的研究、科学前沿问题研究、经济社会所需的研究、应对重大挑战的跨学科研究。

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