本轮机构改革后，原属科技部的中国21世纪议程管理中心、科学技术部高技术研究发展中心被划入基金委。中国科学院科技战略咨询研究院研究员穆荣平对《中国新闻周刊》说，这可能是一种信号，未来国家自然科学基金委会增加前沿引领技术研究开发与创新的资助功能。

　　曾当过中科院古脊椎动物与古人类研究所所长的周忠和认为，真正对基础研究有益的长期稳定支持，不是项目式的稳定，而是给科研人员提供一种“最基本的稳定”，即有一份体面而稳定的薪酬，这应该是由财政兜底的。现在的问题是，财政每年给研究所提供的稳定运行费太低，造成稳定与竞争性经费的比例失衡。

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