基础研究当下的根本困境，实质上指向经费分配结构问题。专家指出，基础研究的典型特点是基础性、长期性和难以预测性。对需要“十年磨一剑”的基础研究而言，这种以竞争性项目为中心的支持模式会造成科研人员浮躁之风盛行，功利主义导向，在选题上更看重能否在短期内出成果，使得基础研究有限的经费并没有流向真正重要的原创性研究上，经费投入产出效益不高。“这样的模式并不十分适合基础科学研究，科研人员要耐得住寂寞，沉下心来持之以恒地探索。”庄辞说。

　　另一个最核心问题，就是钱从哪儿来？关于提高稳定经费比例的建议，身为全国人大代表的王贻芳已经在两会上呼吁了多年，但收效甚微。他分析，改革障碍可能与中国多头的科研管理体制有关。现有体制以项目为核心，各类不同的竞争性项目分别出自科技部、基金委、发改委等多部门，它们只会盯紧自己手里的项目经费，既没有动力，也缺乏能力去全局推动。也因此，近年来只有零星的碎片式改革，比如中科院内部在数学与系统科学研究院试点稳定经费支持等。

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