基础研究当下的根本困境，实质上指向经费分配结构问题。专家指出，基础研究的典型特点是基础性、长期性和难以预测性。对需要“十年磨一剑”的基础研究而言，这种以竞争性项目为中心的支持模式会造成科研人员浮躁之风盛行，功利主义导向，在选题上更看重能否在短期内出成果，使得基础研究有限的经费并没有流向真正重要的原创性研究上，经费投入产出效益不高。“这样的模式并不十分适合基础科学研究，科研人员要耐得住寂寞，沉下心来持之以恒地探索。”庄辞说。

　　曾当过中科院古脊椎动物与古人类研究所所长的周忠和认为，真正对基础研究有益的长期稳定支持，不是项目式的稳定，而是给科研人员提供一种“最基本的稳定”，即有一份体面而稳定的薪酬，这应该是由财政兜底的。现在的问题是，财政每年给研究所提供的稳定运行费太低，造成稳定与竞争性经费的比例失衡。

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